V obci Všeň lze identifikovat několik potenciálních zdrojů ohrožení z hlediska povodňové problematiky. Primárním zdrojem ohrožení je řeka Jizera, která protéká katastrálním územím obce od severu směrem k severozápadu. Při zvýšení hladiny při přirozených povodních ohrožuje zastavěné území obce rozliv na levý břeh směrem k částem Mokrý a Ploukonice, Souvisejícím zdrojem ohrožení je zpětné vzdmutí Jizery do drobných toků – Všeňský potok a Modřišický resp. Podhájský p.
Zejména pro sousední obec Žďár představuje ohrožení taktéž tok Žehrovka, který částečně protéká územím obce Všeň.
Dalším možným zdrojem ohrožení jsou intenzivní přívalové deště a následné bleskové povodně na území obce – zde je ohroženo zastavěné uzemí splachy po úvozových cestách z vrchu ve východním cípu katastrálního území.