Obec Prackovice nad Labem je vzhledem k bezprostřední blízkosti toku Labe a své poloze ve strmé stráni zasahována jevy souvisejícími s povodněmi velmi často. V poslední době se kromě rozlivu Labe nezřídka objevovaly i svahové povodně doprovázené terenními nátrhy a sesuvy půdy.
V roce 2013 povodňové škody obec vyčíslila na mnoho milionů korun. Menší část z nich způsobila voda z Labe, na jejímž břehu leží, větší ta, která se valila z kopců. Vlivem dešťů došlo ke zvýšení hladiny spodních vod, které způsobily sesuv půdy.
V srpnu 2010 byl vlivem povodně v Prackovicích nad Labem zatopený podjezd viaduktu u odbočky na silnici I/30.
Povodeň v roce 2002 způsobila na okrese Litoměřice velké škody a postihla mnoho obcí, mezi nimi byla i obec Prackovice nad Labem. (viz foto níže – zaplavená místní část Litochovice nad Labem).