Na katastrálním území obce Prackovice nad Labem existuje několik potenciálních zdrojů ohrožení. Přímé ohrožení představuje řeka Labe tekoucí severojižním směrem na východní hranici území. Zastavěné území je od toku odděleno levou břehovou hranou toku, na který vyvýšeně navazuje silnice I/30 z Ústí nad Labem do Lovosic a dále železniční dráha. Mezi tokem a dráhou se nachází cca 5 objektů v části Litochovice a cca 5 objektů v části Prackovice. Tyto objekty byly již v minulosti postiženy rozlivem Labe. Při výrazně zvýšené hladině Labe řeka zaplavuje také železniční viadukty.
Rychlé odkazy: Bleskové povodně Místa omezující odtokové poměry
Obec se svažuje dolů směrem k Labi a je umístěna na stráni – kvůli této skutečnosti zde reálně hrozí také spachy z těchto stání, které nekontrolovaně proudí zastavěným územím. Splachy se v části Litochovice koncentrují Litochovickém potoce, v Prackovicích voda proudí po místních komunikacích, ve strouhách podél cest a následně způsobují komplikace a škody na majetku.
V posledních letech se začínají objevovat také sekundární důsledky těchto splachů – svahové nátrhy a sesuvy. Tyto sekundární projevy přívalových dešťů mohou mít souvislost s výskytem podzemních vod ovlivněných stavbou dálnice západně od obce.
Zdrojem ohrožení v obci může být také místní kanalizace a přečerpávací stanice, jež pří intenzivních srážkách není schopna pojmout velké množství vody odtékající do kanalizace i z kopců a strání.