Z hlediska povodňového ohrožení identifikujeme na katastrálním území obce Malá Skála tři zdroje povodňového ohrožení.
Prvním zdrojem je samotný tok řeky Jizery resp. přirozené povodně na toku. Voda při zvýšených průtocích může ohrozit některé nemovitosti v blízkosti koryta toku řeky.
Dále v rámci koryta Jizery mohou komplikace způsobit ledové jevy - vytváření nápěchů, které významným způsobem mohou zkomplikovat situaci v blízkosti mostních a hradících těles a působit problémy i po toku níže.
Dalším, méně kritickým zdrojem povodňové situace jsou přítoky řeky Jizery na katastrálním území obce. Jedná se především o přítoky procházející zastavěnou částí. Důsledkem jejich rozvodnění může být rozliv na komunikacích, do zahrad a sklepů. Většinou jsou doprovázeny bahnotoky, které ucpávají propustky. Při dlouhotrvajících deštích mohou hrozit i drobné svahové nátrže popřípadě sesuvy.