Zdroji povodňového ohrožení na katastrálním území obce Záhornice jsou jak přirozené povodně, tak bleskové povodně. Jihozápad obce lemuje Štítarský potok, který nasycuje Jakubský rybník v blízkosti místní části Poušť, centrální část obce je odvodňována Záhornickým potokem s množstvím kanálů a přítoků přímo v zastavěné části obce (tok níže směřuje na severozápad). Do obce se svažující terén napomáhá vzniku bleskových povodní.