V roce 2002 byla obec postižena povodní poměrně silně, a to jednak tokem řeky Vltavy, ale vedle toho ve značné míře zejména rozvodněnými místními potoky, které se ve svažité krajině na několik dnů proměnily ve dravé horské řeky, tvořící nová hluboká koryta a bořící vše, co stálo v cestě. Bylo nutno evakuovat celkem 201 osob, nejprve pro ohrožení možností protržení hrází výše položených rybníků, k němuž nakonec ani v jednom případě naštěstí nedošlo, a následně pro ohlášené zvyšování hladiny řeky Vltavy. Vážně poškozen a vyřazen i pro pěší provoz byl most přes řeku Vltavu v Zátoni, dále byly poškozeny dva propustky v Horním Němče a zcela zdemolovány tři mostky, které jsou jediným přístupem v obytné zástavbě v lokalitě U Lípy. Na několika místech byly vážně poškozeny státní i místní komunikace, vytrhány rozvody plynu, kanalizační síť a poškozena podzemní i vzdušná vedení elektřiny a telefonu. Třetím nejvíce postiženým místem byl tzv. Horánek, kde na "Náměstíčku", na němž v normálních podmínkách žádná vodoteč neexistuje, náhle několik dní téměř tekla řeka.
Ve Větřní v roce 2009 došlo na rozvodněné Vltavě s průtokem 60 kubíků k převrhnutí raftu s vodáky a utonutí jednoho z nich.
V červnu 2013 byl na horním toku Vltavy vyhlášen 3. SPA, kdy došlo k vybřežení zejména do luk a lesů. Mezi zasaženými obcemi bylo také Větřní. Ve vodáckých tábořištích došlo k rozlití vody. Ve Větřní se provádělo pytlování. K výrazným škodám na majetku ani životech však nedošlo.