Z hlediska povodňového ohrožení identifikujeme na katastrálním území obce Háje nad Jizerou dva významné zdroje povodňového ohrožení.
Prvním zdrojem je samotný tok řeky Jizery. Voda při zvýšených průtocích může ohrozit některé nemovitosti v blízkosti koryta toku řeky. Větší komplikace mohou způsobit ledové jevy, které vytvářejí nápěchy, které významným způsobem mohou zkomplikovat situaci po toku níže.
Druhým zdrojem povodňové situace jsou přítoky řeky Jizery na katastrálním území obce. Jedná se především o bezejmenné přítoky procházející zastavěnou částí. Důsledkem jejich rozvodnění je rozliv na komutacích, do zahrad a sklepů. Většinou jsou doprovázeny bahnotoky, které ucpávají propustky. Při dlouhotrvajících deštích mohou hrozit i drobné svahové nátrže popřípadě sesuvy.