V Jizerských horách docházelo během druhé poloviny 19. století k intenzivním přívalovým dešťům, jejichž následkem na zdejších potocích vznikaly povodně. Nejhorší z nich se udála v červenci roku 1897. Právě tyto záplavy se staly impulsem pro výstavbu soustavy přehrad na Černé a Bílé Desné. Výstavba obou probíhala současně v letech 1912 až 1915. Během stavby však nejen vydatné deště, ale i počínající první světová válka s úspornými opatřeními, se promítly do kvality stavby. 18. září 1916 došlo k protržení celé hráze a z přehrady se vyvalila nashromážděná voda. Ta svou intenzitou ničila domy stojící v údolí pod přehradou a vyžádala si i oběti na lidských životech. Klády uskladněné u pily nad Desnou působily ve valící se vodě jako beranidlo. Katastrofa vedle 62 obětí na lidských životech připravila o veškerý majetek 370 obyvatel. Celkem 95 rodin zůstalo bez přístřeší a 1020 osob ztratilo zaměstnání. Voda totiž 29 obytných domů a 11 brusíren skla zcela zničila. Vedle toho navíc ještě dalších 62 domů vážně poškodila.
Další ničí povodeň byla zaznamenána v březnu 2000. V Desné III a Černé říčce to bylo nejhorší. Vlivem dlouho trvajících srážek se řeka rozvodnila a její běsnění zanechalo po sobě mnoho poškozených domů a chalup stojících blízko vody, bylo zatopeno mnoho sklepů a zahrad. Po celé Desné bylo vidět mnoho vymletých cest a struh.
Povodeň v srpnu 2002 řádila po celé republice. Přívalová vlna přišla i na Desnou. Zdejší lidé si nepamatují takto rozvodněnou řeku, která zatápěla vše, co jí stálo v cestě. V Desné I pod Lesní správou rozbila masivní kamenný most, betonový sráz i splav a jiné stupně kaskád výrazně poškodila. Níže se vylila z koryta a poškodila skokanský areál v Desné I, kde se valila i nad mostem a po umělém koberci zdejších skoků. Dále sjezdařský areál Křížek v Desné I, kde byly poškozeny masivní kovové konstrukce vleku, masivní most lanovky, který vedl od strojovny dále do kopce. Voda zalila i zahradu a sad domu č. p. 209 u dvou železničních mostů, zahrada je nízko a hladina byla až u silnice. Dále se vylila z korta pod hostincem Centrál a zalila dům č.p. 147, ve kterém je Večerka. Situace byla vážná po celý den.
Červencová povodeň v roce 2011 byla z hlediska Jizerských hor četnější na srážky než povodeň v srpnu 2010. Během 50 hodin spadlo na přehradě Souš 220 mm srážek. Povodeň potvrdila, že toto vodní dílo je schopno zachytit dvoudenní intenzívní srážky.