Zastavěné území obce Chotovice bylo v minulosti zřídka zasaženo povodněmi. Nedošlo sice ke katastrofickým škodám, ani k výraznému ohrožení zdraví a majetku obyvatelstva, avšak hrozba povodní (zejména z důvodu intenzivních svahových splachů a koncentrování vod v rybnících nad obcí) zde existuje.