Mezi kritická místa se všeobecně řadí mosty, můstky, lávky a zatrubnění toku s nedostatečnou průtočnou kapacitou, případně umělé a živé ploty postavené přes koryto toku. Při snížení průtokové kapacity nebo ucpání dochází k zpětnému vzdutí a vybřežení vody z koryta toku.
Mezi kritická místa můžeme dále řadit i oblasti se zvýšenou pravděpodobností vzniku povodňové situace - místa situovaná velmi nízko nad hladinou blízkých vodních toků a vodních děl, oblasti v bezprostřední blízkosti břehů apod.
Rychlé odkazy: Vodní plochy a nádrže Místa omezující odtok Ohrožené objekty Bleskové povodně
Zásadní vliv na odtokové poměry v obci mají stavidla v severní části Boharyně. V sousední obci Kunčice se totiž od toku Bystřice odděluje mlýnský náhon, který lemuje severovýchodní část zastavěného území obce Boharyně, a stav na tomto toku je regulován stavidly v obci. Nadměrné průtoky je nutné převádět do koryta toku Bystřice tak, aby nebyly ohroženy objekty přilehlé k mlýnskému náhonu. Stav v lokalitě u stavidel je nutné pečlivě monitorovat a zabezpečovat průtočnost v oblasti a funkčnost stavidel.
V případě zvýšených průtoků v korytě mlýnského náhonu (extrémní navýšení hladiny, nesprávná manipulace nebo spojení toku Bystřice a mlýnského náhonu) existuje riziko zaplavení sklepních prostor a níže položených částí přilehlých objektů na obou březích. Kritickým místem v této lokalitě je také bývalý mlýn resp. jeho stavidla, kde se mohou zadržovat splaveniny a tím zhoršovat průtočnost a také může dojít k poškození kamenných břehových hran (při prohlídce v srpnu 2014 probíhala oprava břehů). V této oblasti se také nachází požární nádrž – v případě intenzivních srážek může dojít k jejímu přelití a to může mít negativní vliv na vodní stav mlýnského náhonu.
Níže po toku mlýnského náhonu mezi objekty č. p. 62 a 70 je zbudován kapacitní silniční most – v tomto místě je třeba dbát na to, aby se zde nezachytávaly splavené předměty a nedošlo ke snížení kapacity průtoku.
Mezi koryty Bystřice a mlýnského náhonu přirozeně vznikají podmáčené plochy a v případě nastání povodňové situace lze předpokládat, že se tyto lokality zaplaví a spojí v jednu lagunu. Podtok pod komunikací spojující části Boharyně a Homyle v tomto extrémním případě je zajišťován také dvojpropustí v blízkosti objektu č. p. 62. V případě nastoupání hladiny vody k této propusti je i zde nutné dbát na zabezpečení plynulého průtoku.
V části Homyle pod soutokem Bystřice s Radostovským p. je vybudován kapacitní most (je zde umístěn hlásný profil) a pouze v případě velmi zvýšené hladiny jsou na levém břehu ohroženy některé níže položené části objektů.
V povodí Radostovského potoka lze za kritické místo označit podtok pod silnicí II/323, kde hrozí zadržování splavovaných předmětů, omezení průtoku a případě poškození mostního tělesa nebo břehových hran. Za mostem se nachází objekt č. p. 36, kde v případě rozlití levého břehu hrozí zaplavení samotného objektu a již při mírně zvýšené hladině zde dochází k zaplavování sklepních prostor.